feat: 重构配置布局，server.listen/storage/logging + probes.execution 分组

- 新增 server.listen (host/port)、server.storage (dataDir/retention)、
  server.logging 分组
- 新增 probes.execution (maxConcurrentChecks) 分组，替代顶层 runtime
- 旧配置入口 (runtime/logging/server.host/server.port/server.dataDir)
  启动期拒绝
- 更新 types.ts、builder.ts、config-loader.ts 适配新路径
- 更新 probe-config.schema.json、probes.example.yaml、README.md、
  DEVELOPMENT.md
- 补充 config-loader 和 variables 测试覆盖新路径和旧入口拒绝
- 同步 5 个 delta specs 到主规范 (probe-config, config-variables,
  data-retention, probe-engine, runtime-logging)
- 归档 openspec change reorganize-config-layout

DEVELOPMENT.md

@@ -140,7 +140,7 @@ probe-config.schema.json  用户配置 JSON Schema 导出物（用于 IDE 自动
   dev.ts / main.ts → readRuntimeConfig(cli args, 仅提取 configPath)
   → bootstrap({ configPath, mode })
   → loadConfig(yaml：YAML 解析 → 变量替换 → 契约校验 → 语义校验 → resolve)
-  → ResolvedConfig{ host, port, dataDir, maxConcurrentChecks, retentionMs, targets, logging }
+  → ResolvedConfig{ host(server.listen), port(server.listen), dataDir(server.storage), maxConcurrentChecks(probes.execution), retentionMs(server.storage), targets, logging(server.logging) }
   → createRuntimeLogger(logging) → Logger（配置加载失败时使用 ConsoleFallbackLogger）
   → ProbeStore(db) → store.syncTargets(targets)
   → ProbeEngine(store, targets, maxConcurrentChecks, retentionMs, logger) → engine.start()
@@ -254,16 +254,16 @@ export function handleMetrics(idStr: string, url: URL, store: ProbeStore, mode:
 
 `ResolvedConfig` 包含以下字段：
 
-| 字段                  | 来源                                               | 默认值           |
-| --------------------- | -------------------------------------------------- | ---------------- |
-| `configDir`           | 配置文件所在目录                                   | —                |
-| `dataDir`             | `server.dataDir`（基于配置文件目录解析为绝对路径） | `configDir/data` |
-| `host`                | `server.host`                                      | `127.0.0.1`      |
-| `logging`             | `logging`（等级继承、路径解析、滚动参数）          | 见 logging 配置  |
-| `port`                | `server.port`                                      | `3000`           |
-| `maxConcurrentChecks` | `runtime.maxConcurrentChecks`                      | `20`             |
-| `retentionMs`         | `runtime.retention`                                | `7d`             |
-| `targets`             | `targets[]` 经 resolve 后                          | —                |
+| 字段                  | 来源                                                       | 默认值           |
+| --------------------- | ---------------------------------------------------------- | ---------------- |
+| `configDir`           | 配置文件所在目录                                           | —                |
+| `dataDir`             | `server.storage.dataDir`（基于配置文件目录解析为绝对路径） | `configDir/data` |
+| `host`                | `server.listen.host`                                       | `127.0.0.1`      |
+| `logging`             | `server.logging`（等级继承、路径解析、滚动参数）           | 见 logging 配置  |
+| `port`                | `server.listen.port`                                       | `3000`           |
+| `maxConcurrentChecks` | `probes.execution.maxConcurrentChecks`                     | `20`             |
+| `retentionMs`         | `server.storage.retention`                                 | `7d`             |
+| `targets`             | `targets[]` 经 resolve 后                                  | —                |
 
 契约层使用 `src/server/checker/schema/` 中的 TypeBox fragments 生成 JSON Schema，并用 Ajv 执行启动期校验。Ajv 必须保持严格拒绝模式：`allErrors: true`、不启用类型强制转换、不注入默认值、不自动删除未知字段。