feat: 重构配置布局，server.listen/storage/logging + probes.execution 分组

- 新增 server.listen (host/port)、server.storage (dataDir/retention)、
  server.logging 分组
- 新增 probes.execution (maxConcurrentChecks) 分组，替代顶层 runtime
- 旧配置入口 (runtime/logging/server.host/server.port/server.dataDir)
  启动期拒绝
- 更新 types.ts、builder.ts、config-loader.ts 适配新路径
- 更新 probe-config.schema.json、probes.example.yaml、README.md、
  DEVELOPMENT.md
- 补充 config-loader 和 variables 测试覆盖新路径和旧入口拒绝
- 同步 5 个 delta specs 到主规范 (probe-config, config-variables,
  data-retention, probe-engine, runtime-logging)
- 归档 openspec change reorganize-config-layout

openspec/specs/data-retention/spec.md

@@ -5,22 +5,22 @@
 ## Requirements
 
 ### Requirement: 数据保留配置
-系统 SHALL 支持通过 `runtime.retention` 配置项指定历史数据保留时长，格式为持续时间字符串（`<数字><单位>`，单位支持 `d`/`h`/`m`）。
+系统 SHALL 支持通过 `server.storage.retention` 配置项指定历史数据保留时长，格式为持续时间字符串（`<数字><单位>`，单位支持 `d`/`h`/`m`）。
 
 #### Scenario: 配置 7 天保留
-- **WHEN** 配置文件中 `runtime.retention` 设置为 `"7d"`
+- **WHEN** 配置文件中 `server.storage.retention` 设置为 `"7d"`
 - **THEN** 系统 SHALL 保留最近 7 天的检查结果，清理更早的数据
 
 #### Scenario: 配置小时级保留
-- **WHEN** 配置文件中 `runtime.retention` 设置为 `"24h"`
+- **WHEN** 配置文件中 `server.storage.retention` 设置为 `"24h"`
 - **THEN** 系统 SHALL 保留最近 24 小时的检查结果
 
 #### Scenario: 未配置 retention
-- **WHEN** 配置文件中未指定 `runtime.retention`
+- **WHEN** 配置文件中未指定 `server.storage.retention`
 - **THEN** 系统 SHALL 使用默认值 `"7d"`
 
 #### Scenario: 无效 retention 格式
-- **WHEN** 配置文件中 `runtime.retention` 格式不合法（如 `"abc"`、`"7x"`）
+- **WHEN** 配置文件中 `server.storage.retention` 格式不合法（如 `"abc"`、`"7x"`）
 - **THEN** 系统 SHALL 在配置校验阶段报错，拒绝启动
 
 ### Requirement: 定时清理调度