feat: 重构配置布局，server.listen/storage/logging + probes.execution 分组

- 新增 server.listen (host/port)、server.storage (dataDir/retention)、
  server.logging 分组
- 新增 probes.execution (maxConcurrentChecks) 分组，替代顶层 runtime
- 旧配置入口 (runtime/logging/server.host/server.port/server.dataDir)
  启动期拒绝
- 更新 types.ts、builder.ts、config-loader.ts 适配新路径
- 更新 probe-config.schema.json、probes.example.yaml、README.md、
  DEVELOPMENT.md
- 补充 config-loader 和 variables 测试覆盖新路径和旧入口拒绝
- 同步 5 个 delta specs 到主规范 (probe-config, config-variables,
  data-retention, probe-engine, runtime-logging)
- 归档 openspec change reorganize-config-layout

openspec/specs/probe-engine/spec.md

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 - **THEN** 系统 SHALL 创建两个独立定时器，分别按各自频率调度
 
 ### Requirement: 组内并发拨测
-系统 SHALL 在每次调度 tick 时并发执行同组内目标的检查，但实际同时运行的检查数 MUST 受全局 `runtime.maxConcurrentChecks` 限制。当某个目标的 checker 执行 rejected（非正常 CheckResult 返回，而是 Promise reject）时，系统 SHALL 将该异常记录为 `matched: false` 的 check_result，而非仅 console.warn。
+系统 SHALL 在每次调度 tick 时并发执行同组内目标的检查，但实际同时运行的检查数 MUST 受全局 `probes.execution.maxConcurrentChecks` 限制。当某个目标的 checker 执行 rejected（非正常 CheckResult 返回，而是 Promise reject）时，系统 SHALL 将该异常记录为 `matched: false` 的 check_result，而非仅 console.warn。
 
 #### Scenario: 同组目标并发执行
 - **WHEN** 调度器触发一次 tick，该组有 3 个目标，且全局并发余量至少为 3
@@ -35,7 +35,7 @@
 - **THEN** 系统 SHALL 通过 Promise.allSettled 的索引关联回 target 数组，获取对应的 targetName 用于写入 check_result
 
 #### Scenario: 全局并发限制生效
-- **WHEN** 调度器同时触发 10 个目标且 runtime.maxConcurrentChecks 为 3
+- **WHEN** 调度器同时触发 10 个目标且 probes.execution.maxConcurrentChecks 为 3
 - **THEN** 系统 MUST 同时最多运行 3 个检查，其余检查等待并发槽位释放
 
 ### Requirement: HTTP 拨测执行