refactor: 全面优化后端代码质量与架构

- app.ts 单体路由拆分为 routes/ + helpers + middleware + static 独立模块
- 类型去重：CheckFailure/CheckResult 以 shared/api.ts 为唯一源头，收紧 phase 联合类型
- es-toolkit 替换：isPlainObject/isNil/isEmptyObject/isEqual/isError/Semaphore/groupBy
- Bun 内置 API：Object.fromEntries 替代手写 headersToRecord
- bun:sqlite 规范：prepare() → query() 利用内置缓存，避免 N+1 查询
- 新增 getLatestChecksMap/allGetTargetStats 批量查询方法
- 新增 backend-code-quality/api-route-separation/batch-data-queries 规范
- 补充 openspec/config.yaml 后端开发规范与 DEVELOPMENT.md 后端开发指引

openspec/specs/batch-data-queries/spec.md

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+## Purpose
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+定义 ProbeStore 的批量查询方法：getLatestChecksMap、getAllTargetStats，以及 getSummary 和 createTargetsResponse 的 N+1 查询优化规范。同时约定单次查询操作使用 db.query() 利用内置缓存。
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+## Requirements
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+### Requirement: 批量查询最新检查结果
+系统 SHALL 提供 `getLatestChecksMap` 方法，通过单次 SQL 查询获取所有 target 的最新一次 check 结果，返回 Map 结构供调用方按 target_id 索引。
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+#### Scenario: 获取所有目标的最新检查
+- **WHEN** 调用 `getLatestChecksMap()`
+- **THEN** 系统 SHALL 执行子查询找到每个 target_id 的 MAX(timestamp)，再 JOIN 回 check_results 获取完整行，返回 `Map<number, StoredCheckResult | null>`
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+#### Scenario: 目标无历史记录
+- **WHEN** 某 target 在 check_results 表中无任何记录
+- **THEN** 该 target_id 在返回的 Map 中 SHALL 不存在对应的 key
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+### Requirement: 批量查询目标统计
+系统 SHALL 提供 `getAllTargetStats` 方法，通过单次 SQL GROUP BY 聚合查询获取所有 target 的拨测统计（totalChecks 和 availability）。
+
+#### Scenario: 获取所有目标的聚合统计
+- **WHEN** 调用 `getAllTargetStats()`
+- **THEN** 系统 SHALL 执行 `SELECT target_id, COUNT(*), SUM(CASE WHEN matched=1 THEN 1 ELSE 0 END) FROM check_results GROUP BY target_id`，在内存中计算 availability 并返回 `Map<number, { totalChecks, availability }>`
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+#### Scenario: 目标无历史记录
+- **WHEN** 某 target 在 check_results 表中无任何记录
+- **THEN** 该 target_id 在返回的 Map 中 SHALL 不存在对应的 key
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+#### Scenario: availability 精度
+- **WHEN** 计算 availability（upCount / totalChecks * 100）
+- **THEN** 结果 SHALL 四舍五入保留两位小数
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+### Requirement: summary 查询使用批量方法
+`getSummary` 方法 SHALL 使用 `getLatestChecksMap` 一次性获取所有 target 的最新检查结果，而非对每个 target 逐条查询。
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+#### Scenario: 统计总览使用批量查询
+- **WHEN** 调用 `store.getSummary()`
+- **THEN** 系统 SHALL 调用 `getLatestChecksMap()` 一次获取所有最新结果，在内存中遍历统计 up/down 数量，而非循环 N 次调用 `getLatestCheck()`
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+### Requirement: targets 列表使用批量方法
+`createTargetsResponse`（app.ts 中生成 TargetStatus[] 的逻辑）SHALL 使用 `getLatestChecksMap` 和 `getAllTargetStats` 替代逐目标查询 latest checkout、stats 和 samples。
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+#### Scenario: 目标列表使用批量查询
+- **WHEN** 处理 `GET /api/targets` 请求
+- **THEN** 系统 SHALL 分别调用 `getLatestChecksMap()`、`getAllTargetStats()` 批量获取数据，在内存中组装 TargetStatus 数组，而非对每个 target 逐条查询数据库
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+### Requirement: prepared statement 使用 query() 缓存
+ProbeStore 中不涉及事务内复用的单次读/写操作 SHALL 使用 `this.db.query()` 而非 `this.db.prepare()`，利用 bun:sqlite 内置的 statement 缓存机制。
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+#### Scenario: insertCheckResult 使用 query
+- **WHEN** 写入一条检查结果
+- **THEN** `insertCheckResult` SHALL 使用 `this.db.query("INSERT INTO ...").run(...)` 而非 `this.db.prepare("INSERT INTO ...").run(...)`
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+#### Scenario: getHistory 查询使用 query
+- **WHEN** 查询历史记录（包括 COUNT 和分页查询）
+- **THEN** `getHistory` SHALL 使用 `this.db.query(...)` 而非 `this.db.prepare(...)`
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+#### Scenario: getTargetStats 查询使用 query
+- **WHEN** 查询单目标统计
+- **THEN** `getTargetStats` SHALL 使用 `this.db.query(...)` 而非 `this.db.prepare(...)`
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+#### Scenario: getTrend 查询使用 query
+- **WHEN** 查询趋势数据
+- **THEN** `getTrend` SHALL 使用 `this.db.query(...)` 而非 `this.db.prepare(...)`
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+#### Scenario: getRecentSamples 查询使用 query
+- **WHEN** 查询采样数据
+- **THEN** `getRecentSamples` SHALL 使用 `this.db.query(...)` 而非 `this.db.prepare(...)`
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+#### Scenario: syncTargets 事务保持 prepare（例外）
+- **WHEN** 同步 targets 配置（事务内多次复用 insertStmt/updateStmt/deleteStmt）
+- **THEN** `syncTargets` 方法 SHALL 保持使用 `this.db.prepare()`，因需要在事务闭包内持有引用