fix: CLI缺少参数友好提示、config.yaml注释模板、skill目录结构规范

src/commands/init.ts

@@ -6,6 +6,37 @@ import { injectOpenCode } from "../adapters/opencode.ts";
 import { injectClaudeCode } from "../adapters/claude-code.ts";
 import { CommandError } from "../cli/errors.ts";
 
+const CONFIG_TEMPLATE = `# Rune 配置文件
+# 
+# 未配置的阶段将使用内置默认配置。
+# 阶段顺序：discuss -> plan -> build -> archive
+#
+# 可配置阶段：
+#   discuss  - 讨论阶段：自由讨论需求和架构
+#   plan     - 规划阶段：生成设计文档和任务清单
+#   build    - 构建阶段：按任务清单逐步实现
+#   archive  - 归档阶段：确认完成并归档变更
+#
+# 示例 - 自定义讨论阶段提示词：
+# stages:
+#   discuss:
+#     prompt: |
+#       你是一位资深软件架构师...
+#
+# 示例 - 自定义规划阶段的文档模板：
+# stages:
+#   plan:
+#     documents:
+#       - name: design
+#         prompt: 生成设计文档
+#         template: |
+#           # {{change-name}} 设计文档
+#       - name: task
+#         prompt: 生成任务清单
+#         template: |
+#           # {{change-name}} 任务清单
+`;
+
 const SUPPORTED_TOOLS: Record<string, (root: string) => Promise<void>> = {
   opencode: injectOpenCode,
   "claude-code": injectClaudeCode,
@@ -30,7 +61,7 @@ export async function runInit(
 
   const configPath = join(runeDir, CONFIG_FILE);
   if (!existsSync(configPath)) {
-    await writeFile(configPath, "stages: {}\n", "utf-8");
+    await writeFile(configPath, CONFIG_TEMPLATE, "utf-8");
   }
 
   for (const tool of tools) {