refactor: 将核心代码迁移到 scripts 目录

- 创建 scripts/ 目录作为核心代码根目录
- 移动 core/, readers/, utils/ 到 scripts/ 下
- 移动 config.py, lyxy_document_reader.py 到 scripts/
- 移动 encoding_detection.py 到 scripts/utils/
- 更新 pyproject.toml 中的入口点路径和 pytest 配置
- 更新所有内部导入语句为 scripts.* 模块
- 更新 README.md 目录结构说明
- 更新 openspec/config.yaml 添加目录结构说明
- 删除无用的 main.py

此变更使项目结构更清晰，便于区分核心代码与测试、文档等支撑文件。

pyproject.toml

@@ -69,7 +69,7 @@ dev = [
 ]
 
 [project.scripts]
-lyxy-document-reader = "lyxy_document_reader:main"
+lyxy-document-reader = "scripts.lyxy_document_reader:main"
 
 [build-system]
 requires = ["hatchling"]
@@ -91,4 +91,4 @@ disallow_untyped_defs = true
 
 [tool.pytest.ini_options]
 testpaths = ["tests"]
-pythonpath = ["."]
+pythonpath = ["scripts", "."]