refactor: 将核心代码迁移到 scripts 目录

- 创建 scripts/ 目录作为核心代码根目录
- 移动 core/, readers/, utils/ 到 scripts/ 下
- 移动 config.py, lyxy_document_reader.py 到 scripts/
- 移动 encoding_detection.py 到 scripts/utils/
- 更新 pyproject.toml 中的入口点路径和 pytest 配置
- 更新所有内部导入语句为 scripts.* 模块
- 更新 README.md 目录结构说明
- 更新 openspec/config.yaml 添加目录结构说明
- 删除无用的 main.py

此变更使项目结构更清晰，便于区分核心代码与测试、文档等支撑文件。

scripts/readers/pdf/pypdf.py

@@ -0,0 +1,28 @@
+"""使用 pypdf 库解析 PDF 文件"""
+
+from typing import Optional, Tuple
+
+
+def parse(file_path: str) -> Tuple[Optional[str], Optional[str]]:
+    """使用 pypdf 库解析 PDF 文件"""
+    try:
+        from pypdf import PdfReader
+    except ImportError:
+        return None, "pypdf 库未安装"
+
+    try:
+        reader = PdfReader(file_path)
+        md_content = []
+
+        for page in reader.pages:
+            text = page.extract_text(extraction_mode="plain")
+            if text and text.strip():
+                md_content.append(text.strip())
+                md_content.append("")
+
+        content = "\n".join(md_content).strip()
+        if not content:
+            return None, "文档为空"
+        return content, None
+    except Exception as e:
+        return None, f"pypdf 解析失败: {str(e)}"