refactor: 将核心代码迁移到 scripts 目录

- 创建 scripts/ 目录作为核心代码根目录
- 移动 core/, readers/, utils/ 到 scripts/ 下
- 移动 config.py, lyxy_document_reader.py 到 scripts/
- 移动 encoding_detection.py 到 scripts/utils/
- 更新 pyproject.toml 中的入口点路径和 pytest 配置
- 更新所有内部导入语句为 scripts.* 模块
- 更新 README.md 目录结构说明
- 更新 openspec/config.yaml 添加目录结构说明
- 删除无用的 main.py

此变更使项目结构更清晰，便于区分核心代码与测试、文档等支撑文件。

tests/test_utils/test_file_detection.py

@@ -1,6 +1,6 @@
 """测试文件检测工具函数。"""
 
-from utils import is_url, is_html_file
+from scripts.utils import is_url, is_html_file
 
 
 class TestIsUrl: