refactor: 调整模块导入路径，简化引用结构

- 更新 openspec/config.yaml 中 git 任务相关说明
- 将 scripts.core.* 改为 core.*，scripts.readers.* 改为 readers.*
- 优化 lyxy_document_reader.py 中 sys.path 设置方式
- 同步更新所有测试文件的导入路径

tests/test_core/test_markdown.py

@@ -1,6 +1,6 @@
 """测试 Markdown 工具函数。"""
 
-from scripts.core import (
+from core import (
     get_heading_level,
     extract_titles,
     normalize_markdown_whitespace,