refactor: 优化执行命令，始终包含 pyarmor 依赖

- 更新 SKILL.md 中的命令示例，使用 uv run --with pyarmor
- advice_generator.py 中始终添加 pyarmor 依赖（混淆后脚本需要）
- 生成的 pip 命令也始终包含 pyarmor

scripts/core/advice_generator.py

@@ -106,11 +106,14 @@ def generate_uv_command(
     Returns:
         uv run 命令字符串
     """
-    parts = ["uv run"]
+    parts = ["PYTHONPATH=. uv run"]
 
     if python_version:
         parts.append(f"--python {python_version}")
 
+    # 始终添加 pyarmor 依赖（混淆后脚本需要）
+    parts.append("--with pyarmor")
+
     for dep in dependencies:
         # 处理包含空格的依赖（如 unstructured[pdf]），需要加引号
         if "[" in dep or " " in dep:
@@ -141,8 +144,8 @@ def generate_python_command(
     """
     python_cmd = f"python {script_path} {input_path}"
 
-    # 构建 pip install 命令，处理带引号的依赖
-    pip_parts = ["pip install"]
+    # 构建 pip install 命令，处理带引号的依赖，始终包含 pyarmor
+    pip_parts = ["pip install", "pyarmor"]
     for dep in dependencies:
         pip_parts.append(dep)
     pip_cmd = " ".join(pip_parts)