fix: 修正 pyarmor_runtime 目录位置到 scripts 内部

- 修改 build.py 中混淆后文件移动逻辑，先移动 scripts 目录，再将 pyarmor_runtime 移动到 scripts 内部
- 更新 spec.md 中关于混淆后文件结构的描述
- 更新 config.yaml 中测试规范，强调严禁跳过测试

Co-Authored-By: Claude Opus 4.6 <noreply@anthropic.com>

build.py

@@ -263,16 +263,32 @@ def obfuscate_scripts_dir(source_dir: str, target_dir: str) -> None:
         sys.exit(1)
 
     # 移动混淆后的文件到最终位置
+    scripts_dst_dir = os.path.join(target_dir, "scripts")
+    pyarmor_runtime_dir = None
+
+    # 先移动 scripts 目录
     for item in os.listdir(temp_dir):
         src = os.path.join(temp_dir, item)
-        dst = os.path.join(target_dir, item)
+        if item == "scripts":
+            dst = os.path.join(target_dir, item)
+            if os.path.exists(dst):
+                if os.path.isdir(dst):
+                    shutil.rmtree(dst)
+                else:
+                    os.remove(dst)
+            shutil.move(src, dst)
+        elif item.startswith("pyarmor_runtime"):
+            pyarmor_runtime_dir = item
 
+    # 再移动 pyarmor_runtime 到 scripts 内部
+    if pyarmor_runtime_dir:
+        src = os.path.join(temp_dir, pyarmor_runtime_dir)
+        dst = os.path.join(scripts_dst_dir, pyarmor_runtime_dir)
         if os.path.exists(dst):
             if os.path.isdir(dst):
                 shutil.rmtree(dst)
             else:
                 os.remove(dst)
-
         shutil.move(src, dst)
 
     # 清理临时目录